Una manera de que aparezca una nueva especie es a partir de aislamiento geográfico. Esto se llama especiación alopátrica, que es un caso particular de cladogénesis. Pongamos un ejemplo.
Imaginemos una especie que de pronto se separa en dos poblaciones debido a la aparición de una barrera geográfica, como una montaña. Imaginemos también que los que quedan de un lado de la montaña gozarán de un clima húmedo y cálido tipo selva tropical. Los que quedan del otro lado gozarán de un clima seco y extremoso tipo desierto.
Tengamos en mente una cosa: necesitamos que transcurra mucho tiempo, del orden de millones de años, antes de que estas dos poblaciones se conviertan en dos especies distintas.
Cada una de las poblaciones deberá adaptarse a su medio ambiente: en el lado cálido se seleccionarán de manera natural los que mejor se adapten a la selva y en el lado seco se seleccionarán los que mejor se adapten al desierto.
Por poner un ejemplo, quizá en el lado cálido sobreviven y se reproducen más los que son grandes, logran alimentarse de ciertas plantas y salen de día. En el lado seco sobreviven y se reproducen más los que son pequeños, se alimentan de insectos y salen de noche.
Estas diferencias van a dar como resultado que después de cierto tiempo suceda deriva genética: la frecuencia de ciertos genes será distinta para cada una de las poblaciones.
En nuestro ejemplo imaginario, los del lado cálido tendrán con mayor frecuencia genes que hagan que sean grandes, que tengan dientes que les permiten ser herbivoros y que digieran las plantas. Los del lado seco tendrán con mayor frecuencia genes que les permitan ser pequeños, carnívoros y tener vista nocturna.
Con el paso del tiempo estas dos especies no sólo tendrán distinto comportamiento sino que tendrán diferencias físicas. Si agregamos la posibilidad que cada una de las poblaciones puede sufrir mutaciones, esto incrementará las diferencias aun más y disminuirá la posibilidad de que se reproduzcan en caso de llegar a encontrarse.
Un ejemplo real de especiación alopátrica es lo que sucedió hace 3 ma cuando se unió totalmente el Istmo de Panamá. De pronto una serie de especies se vieron separadas en dos territorios: unas poblaciones quedaron en el Caribe y otras quedaron en el Pacífico.
Hoy en día, los camarones del sur de Panamá son una especie distinta de los del norte de Panamá. El análisis de DNA muestra que provienen de un ancestro común. El pariente más cercano de los camarones del Pacífico es la especie del Caribe, sin embargo, en experimentos hechos en laboratorio, únicamente el 1% de los apareamientos entre ellos producen crías viables.
Otro ejemplo lo constituyen las cebras de Grevy y de Burchell. Una población de equinos se separó en dos: se aislaron reproductivamente una de la otra. En lugar de la población ancestral hoy existen dos poblaciones descendientes: las de Grevy al norte en Kenia y Etiopía, las de Burchell al sur, en Botswana y Namibia.
